Jordi Borja va néixer a Barcelona on va estudiar Dret i Ciències Polítiques. A París, on va residir gran part de la dècada dels 60 (es va exiliar el 1962 per la seva militància política), es va llicenciar en Sociologia i Geografia i va obtenir un màster en Urbanisme.

Ha estat professor a la Universitat de Barcelona, la UPC, la Universitat Autònoma i a universitats estrangeres: Institut Francès d’Urbanisme a París, universitats de Buenos Aires, Mèxic, Nova York, Santiago de Xile, etc. Actualment dirigex l’Àrea de Gestió de la Ciutat i Urbanisme a la Universitat Oberta de Catalunya (UOC).

Va ingressar al PSUC el 1960, va militar a Bandera Roja i, reincorporat al PSUC-PCE, va ser responsable de Política Municipal i Movimento Popular a la dècada dels 70. Està vinculat al moviment ciutadà i de barris de Barcelona des de finals dels anys 60 fins a l’actualitat. Va ser un dels fundadors i animadors del CEUMT (de 1972 a 1987), coautor de diversos manuals i col·laborador habitual de la seva revista. Aquest Centre d’Estudis Urbans va realitzar una important activitat en l’elaboració dels programes municipals i la formació de candidats i tècnics fins a meitat dels 80.

Entre els diversos càrrecs polítics que ha desenvolupat destaquen el de diputat al Parlament de Catalunya (1980-84) i el de tinent d’alcalde de Descentralizació i Participació de l’Ajuntament de Barcelona (1983-87), vicepresident executiu de l’Àrea Metropolitana de Barcelona (1987-1991) i delegat de Relacions Internacionals i de Cooperació de l’Ajuntament de Barcelona (1991-1995). 

En les últimes dues dècades ha treballat com a consultor o professor a les principals ciutats llatinoamericanes.

Entre les seves publicacions cal esmentar: Estado y Ciudad (Ediciones Universidad de Barcelona 1988); Las grandes ciudades en la década de los 90 (Sistema 1991) en col·laboració amb Manuel Castells; Barcelona: Un modelo de transformación urbana, editor i coautor (1996); Local y Global (Taurus, 1997) en col·laboració amb Manuel Castells; Gestión y control de la urbanización en América Latina (2000, informe para la Comisión Europea); La ciudadanía europea (Península, 2001); Espacio público y ciudadanía (Diputació 2002, Electa 2003); Urbanismo en el siglo XXI: las grandes ciudades españolas (UPC, 2003); La ciudad conquistada (Alianza Editorial 2005); Urbanisme de Barcelona: llums i ombres (Edicions 62-Empúries 2010, i en castellà Editorial UOC, 2010). En preparació: Revolución urbana y derecho a la ciudad (Alianza Editorial). Algunes de les obres han estat traduïdes al francès, anglès i italià.

Col·laborador habitual de la premsa catalana des dels anys 70. Columnista habitual de La Vanguardia (1999-2006) i d’El País (2006-2009). Actualment col·labora a Público.